20世纪80年代后期，狼牙侦察大队狙击手何卫东为救观察手范天雷，被外号“蝎子”的敌狙击手狙杀。何卫东四岁的儿子何晨光接过了父亲血染的88式狙击步枪瞄准镜。15年后，范天雷已是狼牙特战狙击手教官，他鼓励全国青少年级别的武术冠军何晨光、颇有打枪天赋的小混混王艳兵、朴实却有超常毅力的农村少年李二牛一起参军。参军报名体检时，不期而遇的何晨光、王艳兵因为李二牛起了争执，王艳兵认出何晨光就是几天前在海滨公园门口砸了自己摊子的人，两人之间的矛盾又加深了。 范天雷特意把三人都安排在了铁拳团，三人又被分在了同一个班。班长老黑给了这些新兵蛋子一个下马威，让他们清楚的明白了纪律二字的含义。很快进入了新兵训练，何晨光和王艳兵你争我赶相互较劲，在班上名列前茅，可李二牛却总是班上的老末。坦克训练场，为了锻炼大家的勇气，指导员冯军让大家训练坦克从身上开过的项目。何晨光和王艳兵争先恐后的训练完毕，没见过世面的李二牛却在坦克开过来的时候起身就跑，坦克来不及刹车，情急之中何晨光一脚踢飞李二牛，自己翻身上了坦克，救了二牛一命……

狼牙特战基地的高胜寒接到了新的任务：调到陆航旅去组建和训练一支特殊的特战分队，代号“霹雳火”。高胜寒带着资深军士长马路和一直闯祸的王星来到了陆航，却没想到遇到了曾经的战友崔华盾和昔日恋人曾紫陌。作为军医的曾紫陌也参加了集训，她深知组建霹雳火的意义。经过各种残酷的考验，霹雳火特战分队正式成立。他们首要面临的任务便是西南地区的抢险救灾。高胜寒主动请缨要求高空跳伞，成为了进入震中的第一批救援队伍，打通了生命通道。载誉归来后，霹雳火又投入到去边境营救被贩毒武装抓获的侦察员的任务，并到非洲A国担任武装护卫、保护撤侨。经历了重重血与火的考验，霹雳火逐渐走向成熟，开创了中国陆航的新历史。

孤儿云飞扬憨厚善良正直，他幼年即被崇真派掌门人青松道长带上雾峰山，由崇真派抚养成人，只是崇真派有禁律，不能收身世不详的人为门人，因此，飞扬虽然万分渴望能被收为崇真派弟子学习武功，却始终不能如愿。弟子中，更是常有人作弄欺侮飞扬，飞扬愤而反抗，却被执法堂长老赤松再加责罚，终被派去猪舍养猪。云飞扬伤心至极决定离去，可是，云飞扬青梅竹马的恋人、赤松的女儿伦婉儿却再三恳求他留下，再加上这十余年来每逢月圆时就会出现偷偷教云飞扬武功的黑衣师父也不赞成他离去，而且，云飞扬内心一直对掌门人青松有一股难舍之情，诸多原因下，飞扬还是留了下来，他想就近照应青松，他想将来好好报答崇真派，他想跟婉儿常相厮守。 江湖中，一直想取代崇真派成为武林之首的无敌门主独孤无敌，派徒弟把战贴送上雾峰山，向青松挑战。青松知道自己并没练成崇真派绝学“金蚕丝雨”，恐怕会输给独孤无敌，不过，一旦崇真派示弱，无敌门就会取代崇真派成为武林霸主，那时，武林中人无疑将饱受无敌门欺凌。为了武林的大局和崇真派的颜面，青松必须赴约不能退缩。 玉皇顶上这一战，结局是两败俱伤，但没有人知道这最伤心的人是与无敌已经分居十余年的妻子沈曼君。原来，独孤无敌年轻时与曼君相恋结成连理，可是，独孤无敌一心想要练成威猛无比的“灭天绝地”当上武林盟主，不料却导致不能人道并疏于照顾曼君，曼君十分苦闷。有一年，曼君救助了受重伤逃亡的青松，并不自禁地跟青松产生了情感，更在错综复杂的心境中生下了一个女儿独孤凤。独孤无敌狂怒，因为他知道自己女儿的父亲是青松，此后，独孤无敌不只想打败青松，他更发誓要亲手杀了青松。 曾经横行江湖无恶不作的逍遥谷，当年被崇真派率领江湖白道歼灭而消逝，现在，趁着青松和无敌都受伤之际，逍遥谷人巧计安排了老谷主傅天威的孙子傅玉书出面营救青松并赢得了负伤的青松的信任，混入崇真派，为的是要取得崇真派的“金蚕丝雨”秘籍。学会“金蚕丝雨”，逍遥谷又可以在江湖中为所欲为了。 傅玉书阴狠地由飞扬身边谋夺了婉儿，更一步步地实施计划，终于得手将青松暗杀。青松临死之际，云飞扬得知他竟然就是自己的亲生父亲，因为接任崇真派掌门人的位置任重道远而不能认自己的儿子，只好以黑衣师父的方式来接近帮助飞扬。飞扬悲愤地想找出杀父仇人，但又被傅玉书栽赃陷害变成了崇真派的叛徒，他伤心脱逃。这次出手相助的是独孤凤，她早已喜欢上了云飞扬，并把他带回了无敌门。独孤凤告诉父亲自己已决定嫁给云飞扬，已知云飞扬底细的独孤无敌心生毒计，准备让这对同父异母的兄妹成婚，幸得沈曼君及时拦阻。 云飞扬得到沈曼君的帮助，终于练成了绝学“金蚕丝雨”也查明了一切恶行是傅玉书所为。云飞扬独力奋战力拼逍遥谷，终于，邪不胜正，逍遥谷被云飞扬铲除，江湖又归于平静

明朝末年朝纲不振，内有奸宦当道，外有倭寇横行。为使百姓免遭涂炭之苦，大将戚继光和其堂弟、兵部侍郎戚继宇励精图治，联手组建戚家军，在抗击倭寇的战斗中捷报频传。倭寇首领大岛正雄不甘心自己的失败，施重金贿赂昏君的心腹、司礼大太监童大宝(于承惠 饰)。童大宝向昏君进谗言，以图谋造反的罪名欲将闻名天下的戚家军就地解散。刚正不阿的戚继宇获在儿子戚少正(吴京 饰)的协助下得到了童大宝暗通倭寇的证据。不料消息败露，童大宝抢先下毒手，不仅将戚继宇手中的证据销毁，而且以莫须有的罪名将戚家满门抄斩。并为斩草除根，悬重金追杀戚家惟一幸存的后人戚少正。走投无路的戚少正被北少林的主持方丈至一收为徒弟，取法号昙志。童大宝率锦衣卫赶来，以血洗少林相威胁要他们交出昙志。少林众僧宁死不屈，奋力抵抗。丧心病狂的童大宝下令火烧少林，至一禅师舍身护法，在熊熊烈火中成就大善。临终前，他命武僧“三脚”(淳于珊珊 饰)带着自己的血书，护送昙志投奔南少林的圆照方丈(徐向东 饰)。昙志和师兄踏上了去南少林学艺的征途。一路上昙志结识了一班性格各异的师兄弟，甚至还结识了寺院旁边一群年轻的小尼姑，更与女扮男装混入少林学艺的日本女孩华子结为好友，演出了一段梁山伯与祝英台的故事。昙志和一群志同道合的年轻人同门学艺、同仇敌忾，终于重建戚家军，将残暴的倭寇彻底消灭。而昙志也以自己的旷世武功，手刃了以童大宝为首的奸党，报了国恨家仇。但昙志爱情故事的结局呢？曾经先后和昙志产生过情感纠葛的小妮、红莲、白荷和华子纷纷赶来，这些不同性情却同样可爱的女子，哪一个才是他的真爱所归？伫立在于自己有再造之恩的少林寺中，面对千百年来的佛法清规，昙志陷入了难以选择的彷徨之中。

《武当第二部》讲述了因创造太极十三式名震武林的张三丰与张无极共同努力平定了江湖的一场腥风血雨，并保住了武当和大明江山的故事。